气氛烧结炉出现故障常常是因为冷却系统出问题，冷却系统是真空炉的重要部分。冷却水路应保持畅透，否则水温升高造成停机。这是高温高压真空炉工作时常披忽视的问题当无人管理时可能会导致真气氛烧结炉的重大毁坏。

用生物分解化学辅助方法处理冷却水，目的是保持矿物质呈悬浮态，减少橡皮管、蛇形管和水套内沉淀物累积，以使水流畅通。这一般采用一种自动装置来完成，它可以监测水的导电性，自动补充化学剂，冲冼水路，添加新鲜水。与附属蒸气过滤系统配合，这种方法还可以保证水的pH值控制，防止在冷却水系统中多余矿物质沉积。在系统工作稳定后，至少应每月一次进行水质试验以防过处理或欠过理。

气氛烧结炉外壳和热交换器材料的试验样品也应放在水路系统中，每年做一次重量损失检验以检查处理的效果。对扩散泵的蛇形管冷却器必须特别注意。应该经常检查。如果堵塞了，扩散泵将会过热并丧失功能，而且还进一步引起扩散泵加热器烧毁，造成昂贵的、费时的修理。当蛇形冷却水管堵塞时，将水路同水源断开，排水并用压缩空气吹通或用稀醋酸溶液冲洗。